学制为一年制和两年制。
在朱由检的设想中，一年制速成班，主要是培养科学方面的教师，将来北五省都会设立科技学院，速成班的毕业生将主要成为这些科技学院的教员。
两年制深化班才是培养真正科技人才的，这些毕业生不会出去做官，而是留在科学院进行研究工作，或者进入工厂、火器局研发院，或者进入朱由检的私人企业。
为了扩大科学院的影响，改变士林对科学的认识，吸引更多的教员学员，朱由检决定，在适当的时候，将亲自为科学院授课。
七月二日，新编第一军、第二军、第三军即将离开京师，开赴山海关，接替山海关总兵马世龙。新军到达山海关后，马世龙的十万辽东军将撤回京师，进行整编。
朱由检明确表示，第二军、第三军都接受第一军军长袁崇焕的节制，到达山海关之后，三个军还将接受孙承宗的总督。
朱由检亲自到东直门为袁崇焕送行。
“袁将军，新军与火器的战斗力，都没有接受过战场的检验，千万不要为了军功而冒进。”
“陛下，臣明白。臣会先以小股军队试探，待熟悉和适应了建奴之后，在逐步收复宁远、锦州、广宁。”袁崇焕的心，早就飞到山海关了。
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