朱由检命令他为徐光启安排最好的车马盘资，如果徐光启有个三长两短，或者不愿来京，那他这个广东巡抚也可以致士归田了。
崇祯元年公元1628年二月，徐光启一行终于来到京师。
朱由检兑现了承诺，他为徐光启提供了一切便利的条件，工部在京师的东北角，给徐光启找到一所极位庞大的闲置府邸，让徐光启组建大明科学院。
几乎与此同时，新编第七军、第八军整编结束。
四月，新编第一军、第二军、第三军、皇家第一军、皇家第二军整编结束，全面进行实战演习。
五月，新编第四军、第五军、第六军整编结束。
至此，京师军全部整编结束，三十余万军队，整编成十个军，其中皇家第一军、皇家第二军是朱由检的亲军，只受朱由检节制。
六月底，大明科学院正式开始招生，徐光启担任大明科学院的第一任院长。
根据朱由检的意见，科学院设数学班、地理班、化学班、物理班、生物班、医药卫生班等。
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