赫鲁晓夫虽然认为米军的军事动员是在恐吓，但对局势的发展感到没有把握。
在24日上午举行的中央主席团会议上，他表示希望解决导弹危机。
他说，继续与肯尼迪针锋相对不会有什么成效，提议运送导弹前往古巴的船只停止前进，或就地抛锚等待封锁结束，或掉头返航，并寻求新的途径保护古巴，或者使之成为“一个和平的地区”。
会上决定，运送民用物资的船只，包括油轮继续前进，并且不准米国登船检查。当时，军舰和潜艇的船长接到莫斯科发来的密码电报，命令“不要和米国的阻拦发生接触，不得越过封锁线，而要转移到一个安全的地方，原地待命。”
而在米国，肯尼迪也指示大西洋舰队司令部，除了给苏联船只掉头回去的机会外，不要采取任何行动，让苏联船只平静地离开。
为了防止海军军官冒失行事、采取一些未经授权的行动，从而加剧危机，他同时还给海军作战部长安德森下达严格命令：对封锁区以外的任何苏联船只和舰艇一概不得加以阻拦、强行登船或骚扰；对驶往隔离线的船只要密切跟踪，没有明确指示不能采取行动。
25日，赫鲁晓夫主持召开中央政治局会议。
他认为，最新情报表明，肯尼迪不会退缩。如果坚持在古巴部署导弹，其结果只能是一场战争，现在是采取战术灵活性的时候了，建议直接进行交易。如果肯尼迪保证不入侵古巴，他将下令拆除弹道导弹。
26日，18艘苏联货船中的16艘开始返航；同一天华盛顿收到赫鲁晓夫给肯尼迪的一封私人信件，“表示出对于危机的含义有着完全合乎情理的了解。”
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