而司隶校尉在朝廷中与公卿们相处的时候，这也有明确的规定：“司隶校尉诣台廷议，处九卿上，朝贺处九卿下，陪卿上。初除，谒大将军、三公，通谒持板揖。公议、朝贺无敬。台召入宫对，见尚书持板，朝贺揖。
以上的礼仪规定，既照顾到司隶校尉的职务特点，又考虑到司隶校尉官秩较低的实际情况。
廷议是议政的地方，需要发挥司隶校尉“无所不纠”的作用，所以位次就在九卿之上；进贺是礼仪性的集会，位次就以官秩高低划分，所以就在九卿之下。
不过尽管如此，在公议、朝贺时，对三公仍是“无敬”，以表示司隶校尉的尊严。
仲汉时期，在外戚与宦官的斗争中，一方常借重司隶校尉的力量挫败对方，如宦官单超等谋诛大将军梁冀，桓帝派司隶校尉张彪率兵围困梁冀住宅，将他杀死。
仲汉末年，外戚何进欲诛宦官，就以袁绍为司隶校尉，并授予他较大权力，后来袁绍果然尽灭宦官。
而从此，司隶校尉也成为政权中枢里举足轻重的角色，所以董卓称之为“雄职”；李傕专政时也自领司隶校尉；曹操在夺取大权后，也领司隶校尉以自重。
而后，在曹魏，司隶校尉权势进一步扩大，按照级别，司隶校尉排在各部门长之后，但在朝会的时候，大臣们坐在宫殿的正南门外，这时司隶校尉坐在各部门长的上首，一个人单坐，比仲汉时的“三独坐”更为显要。
进入宫殿后，再按职务高低，司隶校尉坐在各部门长的下首，即回到了自己应该坐的位子上，也不单独坐了。
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