但总督权力较巡抚大，巡抚位于总督之下。
地方总督多由部院正官中推选，以尚书、侍郎任者，亦加都察院正官，都御史﹑副都御史﹑佥都御史职衔。
专务总督除部院正官外有寺卿至其位者，加官如尚书、侍郎制。
正德十四年，明武宗自称“总督军务威武大将军总兵官太师镇国公”，遂改总督为总制。
嘉靖三十年，又以“制”字非臣子所用，复名总督，但习惯上仍尊总督为制台。
在明朝政治中，总督举足轻重，入则为朝廷显官，出则为一方军政之首，巡抚、总兵官俱听节制，故时人称“文帅第一重任”。
《明熹宗实录》卷四十二：“天启三年十二月二十七日，荫总督宣大王国桢子之仲、登莱巡抚袁可立子枢、通政使吴用先子、河南巡抚冯嘉会子映鸾、太常寺卿桂有根子高攀各入监读书。”
总督的作用是，以文臣钳制武臣：协调各省、各镇关系：统一事权，防止各省、各镇互不相属，互相推诿。
体现了中央对地方军事控制权的加强。
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