前后花费几个月，蘑菇和小虫们扩散到数平方哩范围里，然后出现了初巢。
初巢是蓝星联合体给的一个学术名词，它也是第三模式里特有的阶段，分为两个部分，菌类群落和寄生藤蔓，其中寄生藤蔓会杀死并取代树木，菌类群落则依托这些寄生藤蔓蔓延。
初巢阶段是虫群变异效率最高的阶段，通过分离成动物、菌类、植物三个群落，最大限度榨取本地生态圈里存在的优质基因，这些优质基因现阶段大部分还用不到，用特殊的晶粒细胞将其储存在初巢里。
部分虫群会在该阶段开始向地下蔓延，不过眼前的群落位于湿地中，往下挖出来的都是水坑。
处巢发育到一定程度，出现了潘多拉幼虫第二阶段。
与之前的潘多拉幼虫不同，第二阶段体型变得很大，幼虫的平均体长在8吋到11吋之间，它们变态发育生产的生物，看起来和本地生物没太多区别。
这个时候，虫群进入情报搜集期，如果判断有能限制虫群进一步发育的生物，潘多拉幼虫第二阶段会变成真正的战士，“狗”。
“狗”是战士们的口头称呼，其学名叫潘多拉虫群初级群落战犬，作为潘多拉孢子自带的基因表中的一员，它的战斗力比自然进化的狼、狗强多了。
虫群本体自带的战斗型虫子，同时具备鳞片、脊椎和外骨骼特征。刚孵化的战犬体重约两磅，主要帮助清理初巢地区的各种小型草食动物，长大后才会对各种肉食动物下狠手。
初巢阶段的战犬，有记录的最大体型，体长3尺11吋，体重136磅，沙漠地带奔跑速度最高55哩每小时，咬合力640千克！
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