后来地球被人类统治，随着人类文明的不断发展，地球污染加重，大气中的二氧化碳含量升高，达到了可支持怪兽生存的环境。
于是怪兽部队的第二次殖民任务也正式开启。
地球历，2013年，环太平洋地区海底深处出现了一个平行宇宙“突破点”。
随后，一个巨大无比的巨兽生物从海”中崛起。
第一只巨兽首先摧毁了旧金山以及周围所有的海岸城市。
人类大部分企图阻止巨兽的军事行动，全部以失败告终。
无奈之下，人类发动了终极武器核弹，才消灭了那只怪兽，但旧金山方圆百里也变成了荒芜之地。
这次事件结束后，人类为巨兽起了“怪兽”（kaiju）的名字。
随后，第一波开菊兽在马尼拉、东京、悉尼、香港等地陆续出现。
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