同时成立海军参谋司和海军装备司、训练管理司、后勤司，各司主官由他们提报，兵部审核。
设海军总督或海务大臣一名，统筹海军军务，设参政两人，一人协助总督处理军务，一人主管训练。
海军总督正二品、参政从二品、各司主官从二品。
第一阶段，海军接受军机处的战略指导和兵部监察，但在训练、作战中独立自主，只需要报备即可，避免外行指导内行。
第二阶段，待蒸汽机战船速度能达到日行一千或者陆路传信能达到日行千里以上，军机大臣中必须有一位懂海军作战的武将，同时海军接受军机处节制。”
“海军初设，朕依旧乾纲独断，
由郑芝龙担任海军总督加兵部尚书衔，提调海军一切军务；
登莱水师舰队总兵杨肇基任海军左参政兼登莱海军舰队总兵加兵部左侍郎衔；
南京水师总兵杨担任海军右参政兼南京海军总兵加督查院监察御史衔；
水师陆战军总兵俞咨皋担任监正兼海军陆战军总兵，统领海军下辖所有海军陆战军，加督查院左督副御史，监察海军。
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