崇祯为什么害怕魏忠贤，因为兵部尚书、御马监掌印、司礼监掌印都是他们的人，内阁五人有四人是他的人，五军都督府五位都督有三位是他的人。
其中他的弟弟还是后军都督。这种配置之下，只要魏忠贤想谋逆，随时都能调动大军。
&：史料的记载，天启七年八月二十二日明熹宗驾崩，廷臣入宫告别遗体，崔呈秀被魏忠贤召入宫中与魏忠贤密谋很多，有人说是魏忠贤准备谋逆，但被崔呈秀阻止了，真假不得而知。
但随着发展，兵部凌驾于五府之上成为国家军事的最高管理机构，五军都督府已经是名存实亡了。
在地方之上，有巡抚、总督、都指挥使、总兵等都对军队有管辖权，虽然有了重重保险和牵制，但委实是很混乱的。
且军队自己有屯田，基本能自给自足了，一旦地方动乱，那就出大问题了。
现在皇帝设立军机处，军政分离，布政司需要都指挥使司护卫境内安全，而都指挥使司则需要布政司提供日常所需物资，相互制衡，算是好事。
五军都督府和军机处两者看似差不多，但前者是兵部为主，以文统武，而后者则是完完全全由武官说了算，天差地别。
无论怎么调整，都和他们其他五部没有什么关系，关键是兵部何去何从？
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