直到多年之后，再次听到“晓组织”的名字时，居然发现这是一个与当初的晓组织性质截然相反的恐怖组织！
自来也应该比鼬更早知道晓组织与雨之国的关系，但因为怀疑是有人利用了晓组织的残党，为了不令已故的弟子的心意被践踏，自来也一直希望能够说服晓组织的新首领。
直到最近他发现，晓组织的首领佩恩，似乎也掌握着轮回眼的能力，这才开始怀疑当初长门并没有死，但是却走上了与当初不同的道路……
然而在看到佩恩居然是弥彦之后，自来也却动摇了。
当初长门对“轮回眼”的使用效率并不高，因此自来也对于轮回眼的能力，也并非十分了解。
“究竟发生了什么？我所认识、教导的弥彦，并不是会轻易堕入黑暗的。”自来也看着弥彦说道。
此时自来也更加怀疑，是长门因为某种原因、或许就是在当初山椒鱼半藏的袭击中死亡，将眼睛留给了弥彦，也令弥彦改变了自己的想法。
虽然在忍术方面，拥有轮回眼的长门，无疑是最具有潜力的，但在领导才能与人格魅力方面，弥彦才是三人中的代表……
一开始的晓组织，也是秉持弥彦的思想，不断的聚拢希望雨之国恢复和平的叛忍与普通人。
只是弥彦错估了山椒鱼半藏日益增长的权力**，并且小看了权力斗争中的黑暗面，曾经乐于提携后辈的山椒鱼半藏，当时已经一心认为晓组织是影响他在雨之国的权威的存在。
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