到了后期，尼奥回到了万物之源，但是战争依然没有结束，所以墨菲斯整个人才蒙了。
这时候他才发现自己被骗了，他并不知道自己也是高级程序先知的一枚棋子。
自己所有的动作只是矩阵在自己潜意识中的安排，所以这个时候他的信仰崩溃了。
而女主角崔妮蒂是一个更悲催的人物，她在矩阵中的权限比墨菲斯要高，她可以复活尼奥，是这次矩阵升级的关键变量因素，决定这尼奥的思想行动。
崔妮蒂和尼奥的爱情，产生了矩阵不可控制的行为。这种行为进一步加剧了人工智能机器的危险，最后尼奥通过自我牺牲达成短暂的和平协议。
崔妮蒂表面上是一个自由人，其实是被高级智能程序先知控制的，思想的控制。
先知告诉她她会爱上一个人，然后她就偷偷的在母体中观察尼奥。然后假装爱上尼奥，然后真的爱上了。
这种爱情是人类思维意识的奇妙之处，身为高级程序的先知和建筑师并不能真正的明白其中的意义，产生的行为也是他们两个不能控制的，所以才产生了尼奥的反面程序史密斯。
尼奥是电影的主角。
【本章阅读完毕，更多请搜索笔趣阁;http://pck.tvgua.com 阅读更多精彩小说】