但是纯种的人类并没有灭绝，在星球的地下溶洞里还存在一个名叫锡安的反抗组织。
紧接着，故事开始了，在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着。
而在现实锡安中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主。
就这样，在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵。
按照故事情节的发展，这应该是一个人类反抗机器的抗争之旅，只不过到头来他们发现这只是机械社会的一次升级罢了。
矩阵设立的时候，是机器人和人类的大战刚刚结束。
机器的智能使得它们在利用现有的科学理论制造出相应技术成果的能力方面极其强大，可以将一切现有的技术都发展到淋漓尽致的地步，远远超过人类，从而把人类打的一败涂地。
但是它们却有一个致命的弱点，就是在真正的创造性方面有所缺乏。
可以利用现有的人类提供的理论发展技术，却没有办法提出全新的更高级的理论。
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