漕运的费用由粮户承担，包括运费、运军行粮及修船费等，均按正粮加耗派征。
大明官员的素质，不用想救知道了，由于漕政，各级官府贪污聚敛，加耗杂派层出不穷，农民的负担极为苛重，通常为正粮的二三倍，甚至四五倍。
承运者无论民运或军运，都是繁重的徭役。农民被点应役，荒时废业，艰苦万状，又遭风涛漂没，官吏勒索，势必负债赔纳，甚至家破人亡，被迫纷纷逃亡。
甚至前两年的流寇中就有不少是漕丁出身。
一般运军下层，亦遭受同样的苦累及长官的克扣，不断出现逃亡现象。
景泰二年设漕运总督，与总兵官同理漕政。漕府领卫军十二总共十二万七千六百人，运船一万一千七百只，另遮洋总七千人，海船三百五十只，专职漕粮运输，称为运军。
这个时候大明漕运是有海运编制的，当然这个时候海运基本已经完全停止，有编制确没有活干。
因为永乐九年，山东济宁州同知潘叔正上书，疏浚拥塞的运河故道会通河“浚而通之，非唯山东之民免转输之劳，实国家无穷之利。”
四年之后河道疏通，大家一看，只要河道通畅，无灾害的时候，光漕运解决北方问题就完全足够了。所以干脆完全停止了海运。
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