在《湮灭》的故事中，三年前，一颗类似于陨石的物质落在黑水国家公园，然而，那并不是一颗陨石。
临近海岸的一座灯塔被一种命名为微光的未知存在所包围，而且三年的时间中，微光所覆盖的范围在不断扩大。
在此期间，针对微光所覆盖的区域被封锁，政府不断从陆路、水路，采用发射无人机，投放动物，以及人员队进入其中，试图探寻微光的秘密，然而所有的一切都有去无回。
微光依旧在缓慢而又持续地向外扩张，丝毫没有停止的意思，似乎，只有整的地球全部被微观所覆盖后，这个过程才会停止。但是这个结果对于人类而言，是一场无法承受的灾难。
直到，在故事正式开始的时候，女主角莉娜的丈夫凯恩突然回到家中。
一年前，凯恩加入一直探索队伍进入微光所在区域，之后所有的人都失去了音讯，没有任何人知道那里面发生了什么。
只是突然回到家中的凯恩表现却很奇怪，他似乎忘记了很多事情，不知道自己这一年来做了什么，不知道自己去了哪里，甚至不知道自己怎么回到了家中。
回到家中不久，凯恩忽然开始吐血，救护车把凯恩送去医院的途中，一队训练有素的武装人员明目张胆地拦截救护车把凯恩带走，就连莉娜也被注射镇定剂后带走。
再次醒来的时候，莉娜已经出现在了一座基地之中，凯恩同样在这里接受治疗，而且被检查出多个器官衰竭，体内大出血，濒临死亡。
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