在黄巾军被剿灭后，各地还不断发生小型叛乱，产生许多分散的势力，包括黑山、白波、黄龙、左校、青牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力大的二三万人，势力小的也有六七千人。而由张燕率领的黑山贼，甚至号称率领百万兵士，隐隐成为最大的一股反叛势力。
中平五年公元188年，黄巾军余部再度发动起义。
二月，郭泰率领黄巾军在西河白波谷起事，攻略太原郡、河东郡等地。
四月，汝南郡葛陂率领黄巾军再起，攻没郡县。
十月，青州、徐州黄巾军起义呼应，攻略郡县。
十一月，朝廷派遣鲍鸿进讨声势最大的葛陂所率领的黄巾军，汉灵帝妄自尊大，并没有恳请王、李二人率人前往，鲍鸿军与黄巾军双方大战于葛陂，鲍鸿军败。
黄巾军各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾起义般声势浩大，但却令汉室朝廷十分头痛。
为了有效镇压起义，中平五年公元188年三月，汉灵帝接受太常刘焉的建议，将部分刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，让其拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾残部，但是汉灵帝不知道的是，刘焉早已经被情报组收买，此次上书建议，只不过是王、李二人为了更快推进三国乱世所下的一盘大棋。
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