其思想主张中也有“工商皆本”，反对大征商税。
东林党人凤阳知府李三才便极力反对这种行为。
而后期东林党要求减少对工商业者征税，这一方面保护了工商业的发展，但另一方面也间接的动了“国本”，国本是立国之本，即农本立国。
减少了对工商业的征税，导致税种单一，就必然减少国库收入以及对农业征税的增加。
后来的“三饷”更是加速了明王朝的灭亡。
“税不征于东南则必税于西北”，黄土高原的民变不仅仅是天灾造成的，若国家实力雄厚，政策得当，万不会引起此般规模庞大之起义。
这就涉及到了一个中国古代经济发展的周期率问题。
这种新经济因素出现并繁荣而最终未能突破农本束缚而夭折的现象，在中国的历史上，出现过至少三次。
首次是盛唐天宝年间，在传统经济的高度发展下，各行各业产生了许多新的经济因素。
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