但是，内阁毕竟不同于中书省。从制度上说，六部不必听命于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。
于是内阁借位尊势崇而力图控制六部，六部则钻内阁没有法定地位和权力的空子，力图摆脱控制。
因而阁部经常争权，尤其是争夺人事权。
内阁与六部这种职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了明政府的行政效率。
在客观上，则有利于司礼监的擅权乱政。
内阁中矛盾激烈。尤其嘉靖以后，阁臣间的倾轧突出由于阁臣的任用、权力大小、去留，均没有明确规定，又由于首辅与次辅间权力悬殊，在天启以前一直无明确的职责分工。
所以阁臣间争夺权势的斗争激烈，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之”，如严嵩拉拢科道弹劾翟銮，使翟被“削籍为氓”。
严嵩与夏言互相排挤，致夏言被弃市。
在阁内的纷争中，阁臣不但各自培植自己的势力，致使明中叶以后的政治日益腐败。
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