表面上，例行的政务流程似乎并没有改变，但决策权却出现了转移。
张居正做到这点，理由是：首先，当时的大明万历皇帝还是个孩子，张居正身为皇帝的老师，很容易影响皇帝的决策。再者，万历帝的“批红”是在司礼监冯保指导下完成，而冯保跟张居正关系密切。内阁首相张居正把自己的意见授意他人，写成奏章，再由自己“票拟”赞同。幼年皇帝的批红自然毫无问题。
就这样，大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的“批红”，由内阁首辅张居正一手操控，达到空前一致。他的新政也就毫无障碍地顺利推进。其实张居正的新政推行的并不是十分顺利，改革必定面临利益冲突的争斗，而张本人、冯保、万历（实际上是万历生母）三个权力体系代表者协作，尤其是万历年幼，冯保、张居正素有交情，二人不对峙，使得张居正掌阁初期拥有绝对的权力，可是万历成人之后，情况则有了变化。
自明朝初期以来，明朝的政务中心就在紫禁城这几个地方转换，权力的交替，左右着明朝的国运。宫闱重重之中、争权夺权的阴谋时有发生。
通过明朝几代皇帝的努力，明朝曾经形成了一套完整的内阁政务体系，它在权力平衡方面堪称完善。
明朝内阁制度有自己鲜明的特点。
形成时期长，而且始终没有取得法定的地位，始终不是中央一级正式的行政机构。
从永乐开始，历代皇帝都在不同程度上寄大政于内阁，皇帝“其不接见臣下而能统治天下者，以有阁臣票拟故耳”。但是，他们谁也不敢担当违反祖制的罪名，谁也不愿从已经取得彻底胜利的皇权中，又拿出一部分给阁臣分享。所以内阁进展缓慢，而且始终未能成为中央一级正式的行政机构。
内阁与皇权矛盾重重，又始终屈服在皇权的重压下。
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