后来，明朝遣使告诫努尔哈赤，不许他侵犯叶赫。努尔哈赤修书给明朝，表示叶赫背盟悔婚，藏匿布占泰，自己是不得已而用兵，并亲自前往抚顺千户所。
李永芳出迎三里，将努尔哈赤引入教场。努尔哈赤将回书交给李永芳，拒绝赴李永芳所设之宴就率军返回。
1614年（万历四十二年），明朝加强抚顺边防，将李永芳的军衔由备御升至游击。
1618年（后金天命三年）四月，努尔哈赤入侵明朝，围困抚顺，并致书给李永芳道：“明朝发兵帮助叶赫，我才率军来攻，你只是一个游击，能够战胜我吗？你很有才智，识时务，我国正需人才，像你这种人才我怎能不加以重用？你要是想战的话，我军弓箭可不认识你。你若出降，我便保城中百姓安宁。你不要以为我在吓唬你，我若连你这区区一城都打不下，还出什么兵？降不降，你好好考虑。”
李永芳看完书信后，便登上南门请降，但仍命士卒准备防御战具。后金军以云梯攻城，很快就登上城池，斩杀守备王命印。李永芳于是出城投降，并匍匐在地，拜见努尔哈赤。努尔哈赤在马上答礼，命士卒勿杀城中百姓。
次日，努尔哈赤摧毁抚顺城，将城中百姓编为千户，迁到赫图阿拉，并按照明朝官制设置大小官属。
李永芳被任命为三等副将，并娶努尔哈赤第七子贝勒阿巴泰之女为妻，因此被称为抚顺额驸、抚西额驸或李额驸。
抚顺是努尔哈赤打下的第一座明朝边城，李永芳则是第一个投降的明朝边将。
“你说这些是什么意思？就算小宝有什么不轨，这里是辽南，到处都是他的人。”孙承宗皱了皱眉头道。本来只是有点担忧，被袁崇焕几句话说的，很担心了。
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