于是，他与长子阿尔通阿，三子扎萨克图商议，图谋另立门户，与兄长分庭抗礼。舒尔哈齐带着几个儿子和少数部下来到了铁岭东南的黑扯木，在那里伐木建造房屋，开辟新的根据地。而黑扯木临近明朝的军事重镇铁岭，可以直接依靠明朝的军事保护，在他的东面又与乌拉部落接邻，能随时得到盟友的援助。
舒尔哈齐开始与努尔哈赤越来越疏远，转而靠近明朝了。李成梁看到这一分化女真的大好机会，于是火上浇油，故意挑起矛盾冲突。他上奏朝廷册封舒尔哈齐为建州右卫首领，这是明朝在辽东地区设立的最高地方军事长官。
努尔哈赤首先是责令舒尔哈齐放弃自立为王的念头，在劝说无效的情况下，努尔哈赤断然采取了强硬措施，于万历三十七年（1609年）三月，舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿、扎萨克图被努尔哈赤诛杀，部将武尔坤也被处死。
努尔哈赤余怒未消，仍打算将他的次子阿敏处死，只是在皇太极等人的极力求情下，阿敏才逃过一劫，免于一死，不过他的一半家产被没收。
面对兄长咄咄逼人的姿态，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东的明军，也处在岌岌可危的境地，根本不是努尔哈赤的对手。在万念俱灰的绝望处境下，舒尔哈齐回到了兄长的帐下。但是这次的努尔哈赤对他不再讲兄弟情谊了，舒尔哈齐被囚禁在一间暗室之中，用铁锁锁住，仅有两个孔穴给他送食物。
万历三十九年（1611年）八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。有一说他是被兄长努尔哈赤秘密杀害的。
正因为皇太极曾经救过阿敏的性命，阿敏这个时候才会冒着触怒大汗的风险为皇太极说话，将大汗认为的失败，纠正为只是打平手！
努尔哈赤看了看众人，并没有说阿敏对，也没有说阿敏错：“你们也都说说话！大家一起看看接下来要怎么办！？是趁着天地会在辽南立足未稳，接着打他们！还是等一等，等到开春，我们的粮食压力稍微缓和一些，再打天地会？不过，再等一阵的话，辽南在辽阳城到险山堡的漫长长城修筑，再过两个月想攻打天地会，可能更加困难！”
“父汗，我大金国近来连番与蒙古人，辽东明军，毛文龙军作战，部族饱受赋税繁重之苦，无法支持多面应敌。我认为我们应该先稳固建设本地，占据一片土地，治理一片土地，并不该急于攻城略地。要战，则得保证必胜！像这段时间辽南的对拼，是汉人希望的，喜欢看到的局面，而不是我们八旗精锐所希望遇到的战局！我们不应在冬季，在城防攻坚战中与汉人对拼！只有用少量的兵力，让汉人自己打自己人，我们才能应付人口众多的汉人。”说话的是阿巴泰。
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