不过明朝与朝鲜的关系并未因后金的威胁而成为同仇敌忾的联盟，相反在暗中互相猜疑、防备。
仁祖时期，朝鲜的明朝之间最棘手的问题还是东江问题。
明朝用来牵制后金、联络朝鲜的东江镇开府于朝鲜椵岛，一直被朝鲜视为祸根。
然而仁祖继位时，需要得到明朝册封而依赖东江平辽总兵毛文龙的协助，所以表面上的关系还算融洽，毛文龙也先后三次上奏明廷，为仁祖请封做出很大贡献，仁祖则在册封前夕的天启五年四月为毛文龙立颂德碑于安州。
不过，仁祖政权从一开始就判断毛文龙没有牵制后金的实力，只能给朝鲜带来麻烦，加上毛文龙部下本身也有强买强卖、劫掠朝鲜等不法行为，两者关系因而很快转入紧张，丁卯胡乱时，朝鲜抱怨毛文龙不及时来救，毛文龙则认为朝鲜引导后金来攻击他，双方的矛盾陡然升级。
仁祖嘱咐都元帅郑忠信说：“西路之事，非但胡也，毛将终必贻祸我国，其地将领不可不预备以待之。”也就是将后金和毛文龙共同作为朝鲜的防备对象。
仁祖继位后，标榜亲明排金，故中止了光海君时期对后金的国书往来，表示要和明朝“协力讨虏”，以后金为假想敌来强化军备，甚至仁祖表示要“亲征”后金。
不过，这只是一种姿态而已，仁祖政权没有勇气与实力去招惹后金，所以实际上采取的是尽量避免刺激后金的政策。
一个代表性事例是天启四年四月，毛文龙要派人去咸镜道巡边，朝鲜君臣生怕其挑衅后金而惹祸，不仅仁祖亲自劝阻，备边司也拟定了回避策略，以备毛文龙征朝鲜兵的情况。
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