这时忽然就有一个阉党宋祯汉苟合自己的几个同年东林人士宋师襄、方有度、庞尚廉等组成的利益集团利用了毛文龙和袁可立的矛盾，轮番恶意攻击袁可立。
以至于天启皇帝看不过去，公开打抱不平切责道：“大臣去留悉听上裁，言官论人当存大体，不必连章抟击。”
时朝中阉党横行，党派相攻者无虚日，而阉党也欲除掉袁可立以剪孙督师之翼。
袁可立没有意气用事，而是“力柔其（毛文龙）骨”，劝毛“臣子勿欺”，“公（袁可立）故奇其（毛文龙）胆智。”
甚至在地震时，袁可立还在向朝廷上疏请求“预筹毛帅之接济”。
所以，之前毛文龙对孙承宗说不去登莱购粮，并不是袁可立针对他，而是他自己不好意思面对袁可立。
杨嗣昌刚上任就替袁可立向皇帝请饷道：“抚臣袁可立受命方新，请发帑金二十万安兵散民，似非得已。惟在圣明裁定，赐予若干。”
还有一些重山海轻沿海的激进朝官指责袁可立袒护毛文龙道：“毛文龙居海外，屡以虚言逛中朝，登莱巡抚袁可立每代为奏请。”
袁可立两头受气，处境十分尴尬。
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