袁崇焕认为王在晋此举不是好的策略，与王在晋争辩无果后，上书给首辅叶向高。
叶向高却认为不能凭主观猜测，于是孙承宗请求亲自前往辽东决断。
朱由校非常高兴，加封孙承宗为太子太保，并赏赐蟒袍、玉带、银币等。
孙承宗到达山海关后，巡行边塞，袁崇焕向孙承宗请示道：“在宁远驻扎五千兵力，以壮十三山的声势，然后派遣将领带兵去救援十三山。宁远距离十三山只有两百里，可以轻易占据锦州，如果不行再退守宁远，怎么能放弃十万难民？”
孙承宗于是与总督王象乾商议，王象乾认为驻扎关上的军队刚刚打了败仗，士气沮丧，不如调动插部护关的军队三千人前往宁远，孙承宗同意后一方面调兵前往宁远，一方面去救难民，救援失败，十万难民只救回六千人。
孙承宗对此询问王在晋：“新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马移四万人来驻守？”
王在晋说：“应该另外设立一支四万人的军队。这样一来，八里铺就有八万兵了，可是一片石西北不派兵驻守吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城，旧城前面埋的地雷是用来对付敌人的，还是用来对付自己新兵的？新城可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”
“如果这样的话，敌人兵临城下，士兵像先前那样逃跑，哪里还用得上重关？”孙承宗说：“准备在山上建三座营寨，防止士兵溃逃。”
王在晋说：“士兵没有溃败就修筑营寨等待他们，你这是在教士兵逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，敌人也可以尾随他们进来。你现在不为恢复做打算，却在这闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷争斗，京都以东还有安宁之日吗？”
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