在逐步完成统一女真各部的基础上，皇太极帮助他父亲努尔哈赤建立了新的后金国家。
努尔哈赤一度想立长子褚英为储，但是褚英背着努尔哈赤做了很多违反其愿望的事，甚至逼迫皇太极等也跟他一起行动。
皇太极等向努尔哈赤揭发了褚英的阴谋，万历四十一年（1613年），努尔哈赤将褚英幽禁，两年后又毅然处死了他。
从此皇太极进一步得到了信赖。
万历四十三年（1615年），努尔哈赤整合正黄、正白、正红、正蓝并加镶黄、镶白、镶红、镶蓝，正式完成了军政合一的八旗制。
皇太极被任命为管正白旗的贝勒。
后金天命元年（明万历四十四年，1616年），努尔哈赤建立大金国（史称后金），称大汗，任命次子代善为大贝勒、侄子阿敏为二贝勒、五子莽古尔泰为三贝勒、八子皇太极为四贝勒简称四大贝勒。
天命三年（明万历四十六年，1618年），努尔哈赤下定决心要对明朝发动进攻，但是具体怎样行动，却议而未决。
皇太极献上一计。他提出先打抚顺，“抚顺是我出入之处，必先取之”。并建议利用明朝守城游击李永芳要在四月八日至二十五日大开马市的机会，派遣五十人扮作马商，分成五伙，入城为市，继之由他亲自带领五千士兵夜行至城下，里应外合，两面夹攻。
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