锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达。
皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。
东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。
在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
东厂、西厂与锦衣卫共同点是监视、侦查、镇压官吏的不法行为，即“巡查缉捕”。
出于政权的内部需要，皇帝需要一个独立于官僚机构之外的势力供自己使用，东厂、西厂与锦衣卫都是这样的机构。
因为东厂本来就负责监视大明大大小小的各个衙门，所以并不存在韦宝开始想的，皇帝和魏忠贤担心有人把持了水师，会对朝廷不利这样的事情。
韦宝在海防总督衙门一把抓，陆军和水师官兵用的清一色都是天地会的宝军，以及新招募的，或者是策反归顺了韦宝的原本的世袭官兵。
总之，魏忠贤目前还没有功夫整顿到海防总督衙门去，另外韦宝能给魏忠贤搞到很多钱，魏忠贤也不会怀疑韦宝会对朝廷有什么不利，所以没有急于整顿海防总督衙门。
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