先前他假传圣旨将主考官王乾学治罪，又起草圣旨杀害杨涟、左光斗等人。
只有周顺昌、李应升等人被投进诏狱，顾秉谦请将他们移交法司，不让他们死得不合法。
时人说“我闻今相国昆山顾秉谦，严相国俦也。”
又充《三朝要典》总裁。
宦官出去镇守，顾秉谦撰写皇上谕告，过后又与丁绍轼请求停罢此事。
两事前后稍有矛盾。冯铨既已入阁，他们同党中日夜倾轧，群小们也各自支持一方。
顾秉谦心中不安，屡次上疏请求退休。
这些都看的出来，顾秉谦其实不愿意当这个烫手的首辅大人了。
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