最初规定，每张船引纳税银三两，后来增加到六两。
起初，政府只是对船引的总量进行控制，每年发放五十张，万历三年增加到一百张，而没有对领持船引海商的出航国家进行限制。
万历十七年，政府将前往东、西洋商船的总数各定为四十四艘。
后来由于申请出海者过多，又将船引扩大到一百一十份。
隆庆开海最主要是带来了可观的经济收益。
隆庆开海后，除收取“引税”外，督饷馆还征收三种商税水饷、陆饷、加增饷。
“水饷”根据商船尺寸长短征收，类似于今天的吨位税。
“陆饷”根据进口的具体货物征收，由到船上接买货物的铺商缴纳。
“加增饷”是专门针对从马尼拉回航，商船没有携带货物而只带回白银所征收的特别税。
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