朱元璋置辽东都司经营辽东，后朱棣招抚女真部落，于1411年设奴儿干都司，共辖130多个卫所。
1435年明宣宗撤回在奴儿干的流官驻军，至万历年间卫所增加至384个。
晚明，后金崛起后逐渐进占辽东。
东北邻国高丽于元明之际大肆扩张领土，通过招谕、剿杀、驱赶女真部落，使本国疆域不断向北推进，1393年朱元璋内迁铁岭卫，默许取代高丽的李氏朝鲜占据鸭绿江以东、图们江以南的地区。
明初于西北先后设有哈密、沙州、安定、阿端卫、曲先、赤斤蒙古、罕东左等卫，明朝西北疆界涵盖今新疆。
1472年，哈密卫被吐鲁番攻陷，后于1482年兴复。
弘治年间三失三复，1528年后嘉峪关以西皆为吐鲁番所据。
1370年，吐蕃宣慰使何锁南普等率吐蕃诸部归降，后于青藏地区设乌思藏、朵甘卫指挥使司。
在完成藏区的统一后，明太祖要求藏民输马作赋、承担徭役，或蒸造乌茶、输纳租米，强调“民之有庸，土之有赋，必不可少”。
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