阉党专权后，东林党更受到严重打击，直到崇祯年间东林党才重新被重用。
由于明神宗不理朝政，缺官现象非常严重。
1602年，南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。
明神宗委顿于上，百官党争于下，明廷完全陷入空转之中。
官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。
在东北，由于深受明神宗信任的辽东总兵李成梁后期腐化堕落，大肆谎报军情，骗取军功封赏，军事打击目标上偏袒努尔哈赤势力，致使明末边患严重，并最终导致清朝入主中国。
因此《明史》言“论者谓明之亡，实亡于神宗。”
在军事方面，万历朝以万历三大征最为功勋卓著，三战皆胜以巩固明朝边疆、守护朝鲜王朝，但也消耗了明朝国库存银。
1617年，努尔哈赤以“七大恨”反明，两年后在萨尔浒之战中大败明军，明朝对后金从此转为战略防御。
1620年，明神宗驾崩。
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