1661年，郑成功进攻台湾，次年驱逐荷兰人，设承天府，辖天兴、万年二县。
1376年改行省为承宣布政使司，但习惯上仍称“省”。
1370年于各省设置一都卫，1375年改为都指挥使司。
1427年弃安南后，明朝在全国设置两京十三布政使司，包括北直隶、陕西、山西、山东、河南为北五省、南直隶、浙江、江西、湖广、四川为中五省、广东、福建、广西、贵州、云南为南五省。
共设置十六都司、五行都司、二留守司。
其中十三个是与布政使司同名的都司，其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。
五行都司是陕西，治甘州卫，今张掖、四川，治建昌卫、湖广治郧阳卫、福建治建宁府、山西治大同府。
两留守司是洪武年间设置的中都留守司和嘉靖年间置于承天府的兴都留守司。
此外，在的青藏地区设有乌思藏都司、朵甘都司；在东北女真部落设奴儿干都司，下辖131卫，至万历年间增至384卫。
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