由于太子朱标早死，由皇太孙朱允炆即位，年号建文，即明惠帝。建文帝为巩固中央集权，与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。
周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人或被逼自杀。
同时以边防为名调离燕王朱棣的精兵，欲铲除燕王。朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧，靖内难”的名义起兵，经过四年的夺位战争，最后率军南下，攻占京师，史称靖难之役。
建文帝在宫城大火中下落不明。
1402年，燕王朱棣即位，改元永乐。
朱棣即位后，对异议者强力镇压，诸如黄子澄、齐泰等建文旧臣等都被杀。
其中以方孝孺的“诛十族”和景清的“瓜蔓抄”最为惨烈。
明成祖还恢复了明太祖时期后来被废除的锦衣卫，另外他还设置了另外一个特务组织——东厂，厂卫制度由此确立。
1405年，朱棣将北平改名北京，称行在，设立北平国子监等衙门。1416年，朱棣公布迁都的想法，隔年开始大规模营建北京，1420年完工，1421年迁都北京。
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