后来，灵丘以及其他屯兵的城堡大多失陷，清军凯旋而归。
十一月朝廷评定各将的罪过，曹文诏、张宗衡以及巡抚胡沾恩一同被定罪充军到边地的卫所。
命令刚下达，山西巡抚吴生生就上书推荐文诏知兵善战，请求把他安排到山西来。于是朝廷命令他做援剿总兵官，让他立功赎罪。
这个时候，河南的战祸尤其厉害，朱由检本来已经同意了兵部的意见，又传令让曹文诏率兵紧急前往河南剿贼。吴生生又抗言上书力争，请求让曹文诏先平定山西的贼寇，然后进军河南，朱由检没有同意。然而，曹文诏因为吴生生对自己有恩，最后还是取道太原，被吴生生留住了。
这个时候，山西的农民军首领高加计已被歼灭，而凤阳失陷了，曹文诏于是整顿军队南下，于崇祯八年三月同洪承畴在信阳相会。
洪承畴非常高兴，立即就让他到随州进攻农民军，曹文诏追杀农民军三百八十多人。
四月，洪承畴驻扎在汝州，因为农民军全跑到关中去了，决定回头先铲除农民军的老巢，于是分别命令各位将领把守要害，发布檄文召曹文诏入关，曹文诏于是骑马到灵宝拜见洪承畴。
洪承畴认为农民军在商州和雒南两地，如果听说明军过去，一定会先逃往汉中，那时大军由潼关进入汉中，反而会落在农民军的后面。
于是命令曹文诏从阌乡取山路到商州和雒南，直捣农民军老巢，然后再从山阳、镇安、洵阳等地赶到汉中来，阻止他们逃跑。
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