执政初期，他就将巴黎理工、炮兵、路桥等高等专科学校，称“大学校”，分为基础和应用两种。
巴黎综合理工学院原本诞生于共和体制时期，拿破仑加冕皇帝后，在第二天的阅兵式上，将一面绣有“为了祖国、科学和荣誉”几个字的锦旗，亲手授予参加检阅的理工学院的学生，从而赢得了他们的忠心。
拿破仑每次出征，都有理工学院毕业生跟随。
在法兰西第一帝国时期的理工学院毕业生中，后来成为法国科学院院士的就达16人。
拿破仑对科学和文化事业的关注促进了法国科学的繁荣，可以说拿破仑时代是法国历史上科学成就最丰富的时代之一，出现了拉普拉斯、拉格朗日、蒙日、萨迪·卡诺、傅立叶、盖·吕萨克、拉马克、居维叶等一大批耀眼的科学明星。
拿破仑对研究院进行了重组，使其成为法国文化的官方代表并为国家利益服务。
参照启蒙思想家绘制的蓝图，法国大革命以来的研究院隶属国民教育体系，而拿破仑则奠定了延续至今的中央集权管理的国民教育体系。
其中，大学是为了监督整个教育体系而建立的，中央具有绝对的控制权。
国家元首直接任命总监，总监下设大学区，由学区长管理，监督各市镇的大学和中小学。
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