在远征途中，拿破仑曾下达过一条著名的指令“让驮行李的驴子和学者走在队伍的中间。”。
1798年拿破仑远征埃及并占领亚历山大，面对骁勇善战的马穆鲁克，拿破仑展现出了非凡的军事才能和卓越军事素养。
7月，在吉萨金字塔的阴影下，“士兵们！四十个世纪在金字塔上看着你们！”，通过金字塔战役震撼的战果一举扫清了通往开罗的障碍，并使其在马穆鲁克和奥斯曼人间获得恐怖名号。
虽然他指挥法军在陆地上夺取了全盘胜利，但法国舰队在8月的阿布基尔海战中被英海军将领霍拉肖·纳尔逊摧毁，陆上部队被困在埃及。
拿破仑进军叙利亚，多次击退土耳其军队，但遭遇了瘟疫、酷暑和补给等困难。最后受阻于久攻不克的阿克尔城。
5月17日返回埃及，在阿布基尔围歼土耳其军队。
拿破仑至死仍对没能攻克阿克尔城堡一事感到遗憾，他在圣赫勒拿岛的回忆录中说“如果阿克尔城堡早日陷落，当改变世界面目”。
拿破仑远征之时，欧洲的反法联盟已逐步形成，而法兰西共和国国内的保王党势力也在逐步增强。
1799年8月，拿破仑决定立刻秘密赶回巴黎。
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