清代另辟蹊径，构建出了一套针对牧区的地方行政体系，盟旗制，将游牧部落齐民编户，禁锢在各自的小片土地上。
实质上，是将前代的众建分其势的治理原则，予以制度化。
清廷采取了直接统治的策略，称蒙古大汗，宣称直接继承了蒙古帝国法统；奉黄教，笼络蒙古各部的宗教势力。
对战略要点建城并驻军，由各路将军统辖。
对蒙古基层采取盟旗制，离散部落、齐民编户。
盟旗制大体如下清对归附的蒙古部众，按盟旗原则重新安置归附的蒙古诸部，直至全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。
其中，旗是清廷设在蒙古地区的基层行政单位，在法理上是清朝皇帝，也就是蒙古大汗，赐给旗主的世袭领地。
旗经过编织佐领，安置属民，分给牧地，划定旗界，通过任命札萨克（执政官）而形成。盟为旗的会盟组织，合数旗而成。
每盟设正副盟长各一人，由清帝派人兼摄。盟长的主要任务是充当三年一次的会盟召集人，履行比丁、练兵、清查钱谷、审理重大刑名案件、监督属下各旗等职责，但无发兵权。
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