1617年，林丹汗在西藏萨迦派僧侣沙尔呼图克图的劝说下，由黄教（格鲁派）改宗红教。
萨迦派，狭义上是花教，广义上与宁玛派、噶举派皆属红教。
此时黄教在蒙古经过数十年的传播，已经根深蒂固，林丹汗突然改宗，无疑加剧了信奉黄教的蒙古诸部对大汗的离心力，对林丹汗统一蒙古的事业产生不小的阻碍。
林丹汗还没来得及将统一蒙古付诸行动的时候，东方的努尔哈赤建立后金汗国，对林丹汗与明朝均构成巨大威胁。
努尔哈赤一直在挖蒙古的墙角，努尔哈赤称汗前后，科尔沁、内喀尔喀等部便与努尔哈赤联姻。
1618年，努尔哈赤以七大恨告天，发动侵明战争，明朝则在翌年的萨尔浒之战中败北，辽东岌岌可危。
这时，明朝想到了林丹汗，早在1618年，万历四十六年九月，明朝辽东经略杨镐即提出了“制东夷在先款西虏”的策略，“东夷”指努尔哈赤的后金政权，“西虏”指林丹汗为首的蒙古诸部。
其后户科给事中应震、山西道御史冯嘉会、兵部尚书黄嘉善等大臣建议“以夷攻夷”，利用林丹汗来对付努尔哈赤，以收“渔人之利”。
不过，明朝最先利用的是靠近后金的内喀尔喀，1619年，万历四十七年七月，挟萨尔浒之战余威的努尔哈赤率军围攻铁岭，内喀尔喀中最有实力的宰赛（斋赛）率万人援明，不料抵城时铁岭已失守，其后又与后金兵交战，大败，宰赛及其二子与巴克、色本、桑噶尔等均被俘获。
八月，明朝另一藩屏叶赫部覆灭，明廷正式将注意力转移到林丹汗身上。
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