不过，林丹汗与明朝结盟并未挡住后金对辽东的吞噬，1622年明朝在广宁之战败北，林丹汗的援军没起作用，此后两者间的联盟冷却下来。
林丹汗也开始实行攘外必先安内，“先处里，后处外”的政策，开始火并科尔沁、内喀尔喀诸部，并且避免与后金正面交锋。
所以林丹汗从未亲自与后金作战过。
在原本的历史中，崇祯继位后，林丹汗西迁，吞并右翼诸部（哈喇慎、土默特、鄂尔多斯、永谢布等），其中一个重要目的是获得明朝给右翼诸部的“市赏”。
明朝不给林丹汗，林丹汗乃发兵进犯大同，明朝不得不恢复对林丹汗的赏赐。
后金利用林丹汗西迁之机，吞并了察哈尔本部，并于1632年大举进攻林丹汗，林丹汗闻讯远遁青海。
此后，林丹汗与明朝的关系彻底破裂，明朝甚至将林丹汗遗留的财物及部众移交给后金。
后来林丹汗与西藏藏巴汗、康区白利土司月顿多吉和喀尔喀绰克图台吉、却图汗结成“反黄教联盟”，企图东山再起，但很快于1634年去世。
即位之初的林丹汗在明朝大臣的奏文中多次被提到。
最早是在1606年，万历三十四年十月，兵科都给事中宋一韩《边事大略》奏文中称“自酉、戌两殒大师，辽尚可言哉？所幸天厌夷种，土蛮（原指图们汗，这里指布延汗）物故，稍稍息肩。独凌丹憨新立，众虏煽惑，都会、歹青等阳顺阴逆，安能不相率响应？此辽东之情形也。”并称林丹汗为“穷饿之虏”。
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