因此，林丹汗的处境非常艰难。
林丹汗即位后，面临汗权衰落、各自为政的局面，着手强化中央集权。
林丹汗把八鄂托克察哈尔分置左右各三土绵，在阿巴海哈喇山中建察汉浩特，用六万户刚健之军加以统治，把持着强势具备的朝政。
也就是说，林丹汗按照北方游牧民族传统，将察哈尔本部分为左右两翼六个区块，即阿哈固山、窦土门固山、高尔固山、哈纳固山、中军万户与阿喇克绰特万户。
除此之外，林丹汗还利用“图们法典”约束诸部。
任命永谢布部的却热斯塔布囊为大汗的代表，管理右翼三万户蒙古诸部，任命内喀尔喀炒花乌济叶特部的锡尔呼纳克洪台吉辅助大汗管理左翼蒙古诸部。
林丹汗于1617年在巴林境内的阿巴嘎哈喇山建察汉浩特，作为政治中心，令诸部首领到此朝觐、纳贡与议事。
林丹汗笃信藏传佛教，林丹汗一生热衷于佛教事业，不仅推动了藏传佛教在左翼三万户地区的传播，而且为蒙古文化作出了一定的贡献。
1604年，刚即位的林丹汗就从四世派驻蒙古地方掌管教法的迈达理呼图克图和卓尼绰尔济等黄教喇嘛的手上，接受了格鲁派（黄教）的法戒。
1617年，西藏萨迦派僧侣沙尔呼图克图到达蒙古地区，寻找自己的支持者，林丹汗为沙尔呼图克图的法术所折服，并封他为国师，并接受深奥密乘之灌顶，于是林丹汗由黄教改信红教。
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